Sau cuộc Cách mạng Tháng Hai năm 1917 ông được thả tự do trở về Petrograd và đã được tái bầu chọn vào Ban Chấp hanh Trung ương. Ông đóng một vai trò quan trọng trong việc hoạch định Cách mạng Tháng Mười.

Một cuốn sách được nhà viết kịch Moskva viết vào năm 1990 là Edvard Radzinsky tuyên bố rằng Sverdlov đã có một vai trò trong việc giết hại cả nhà Sa hoàng Nikolai II. Theo cuốn sách này, Sverdlov đã ra lệnh xử tử hoàng gia vào ngày 16 tháng 7 năm 1918 diễn ra tại thành phố Yekaterinburg. Cuốn sách này cũng như các sách khác của Radzinsky đều có đặc điểm "lịch sử dân gian" (mà người Nga gọi là dã sử) của các nhà báo và sử gia viện hàn lâm.[1][2][3][4][5] Tuy nhiên Yuri Slezkine trong tác phẩm Thế kỷ của người Do Thái đã bày tỏ quan điểm: "Những năm đầu Nội chiến, vào tháng 6 năm 1918, Lenin đã ra lệnh giết hại Nicholas II và gia đình ông. Trong số những người được giao phó thực hiện mệnh lệnh gồm Sverdlov, Filipp Goloshchekin (ru) và Yakov Yurovsky."[6]

Sự kiện lớn này bắt nguồn từ một cuốn sách năm 1922 của tướng Bạch vệ Nga Mikhail Diterikhs với nhan đề Kẻ sát hại Sa hoàng và các thành viên nhà Romanov ở dãy Ural, trong đó tác giả đã tìm cách miêu tả cái chết của hoàng gia như là một âm mưu của người Do Thái chống lại Nga. Tại đó ông được gọi bằng biệt danh Severdlovsk từ cái tên Do Thái của mình là "Yankel" và Goloshchekin là "Isaac". Quyển sách này lần lượt dựa trên một nguồn tài liệu của Nikolai Sokolov, điều tra viên đặc biệt cho tòa án khu vực Omsk, người mà Diterikhs được giao nhiệm vụ điều tra sự biến mất của Romanov trong khi giữ cương vị thống đốc tỉnh dưới chế độ Bạch vệ trong cuộc nội chiến Nga.[7]

Là đồng minh thân cận của Vladimir Lenin, Sverdlov đóng một vai trò quan trọng trong các quyết định gây tranh cãi để đóng cửa Hội đồng Lập hiến và ký Hiệp ước Brest-Litovsk. Cũng có thể là Lenin đưa ra các lý thuyết và Sverdlov đoan chắc chúng sẽ hoạt động. Sau đó mối quan hệ của họ bị rạn nứt vì Lenin dường như quá thiên về lý thuyết hơn là một người thực tế như Sverdlov. Đôi khi ông được gọi là nguyên thủ quốc gia đầu tiên của Liên Xô nhưng điều này là không chính xác vì Liên Xô chỉ ra đời vào năm 1922, ba năm sau cái chết của Sverdlov. Tuy nhiên, trong vai trò là chủ tịch Ban Chấp hành Trung ương Toàn Nga (VTsIK) ông được coi là nguyên thủ quốc gia hợp pháp của Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Nga từ ngay sau cuộc Cách mạng tháng Mười cho đến khi qua đời.